How to save/load bone order
You can save/load bone order with 闇鍋プラグイン (EtcPlugin).
You should save the bone order before head swap, then restore order after the swap.
- Save: ボーンを並べ替えるテキストファイルを作成する。
- Load: ボーンをテキストファイルの順に並べ替えする。
It also includes plugins for morphs, joints and rigid bodies.